由於保健食品的多樣性，茲將從原料、製造廠商及市場等面向，來討論目前國內保健食品的現況：
一、原料
保健食品原料琳瑯滿目，舉凡動物、植物或微生物來源等均可作為保健食品的原料，像是非常熱門的魚油、膠原蛋白或甲殼素等均來自動物；像是優酪乳或紅麴產品則是從微生物發酵或其代謝產物；植物來源的保健食品則更是普遍，如茄紅素、花青素等。
國內大部分保健食品原料以進口為主，初級農產品如藥食兩用的枸杞或黃耆皆來自中國大陸，國內保健食品業者也進口半成品原料，例如膠原蛋白粉末在國內進行後段加工，這類萃取物原料則大部分來自日本或歐美。
黃豆製品可說是國人喜愛之主要產品之一，自古以來豆漿、豆腐或豆乾等均是國人主食或點心，目前科學數據證明大豆中營養及保健功能如大豆異黃酮、大豆卵磷脂、大豆膳食纖維受肯定的，雖然黃豆尚須仰賴進口，但黃豆製品在保健食品的應用仍值得國人進一步開發及利用。
乳酸菌素材近來也非常受到歡迎，除了眾所皆知調整腸胃到的功能外，很多的科學文獻證實有些乳酸菌具有抗過敏或抗菌等其他保健功效，使得乳酸菌素材的應用越來越寬廣，國內業者也開始投入乳酸菌素材的生產，除了多樣化乳酸菌菌種的研發外，乳酸菌代謝物最為保健素材的應用也是最近的發燒話題之一。
二、製造廠商
國內的保健食品以膠囊或錠狀食品為主，國內的製造型態以具打錠或沖膠囊能力的西藥業者或打錠代工廠為主，而其原料來源大部分為由國外進口的保健食品萃取粉末，然而因為原料仰賴進口，這種生產型態的附加價值並不高。由於近幾年來漢方植物萃取物廣受歡迎，又由於國內的科學中藥受到健保給付等種種限制，使得中藥製造業者亦轉而投入以中藥理論為基礎的複方保健食品生產，受到消費者的高度青睞，例如茶包。保健食品畢竟是「食品」，因此傳統的食品業者自然不能缺席，具保健或機能性概念的食品市場接受度愈來愈高，像幾年前愛之味的鮮採番茄汁或油切綠茶就是傳統食品業者投入保健食品的代表作。保健食品的趨勢必然朝著食品型態的方向發展，這意味著只要投入保健食品的研發，再原來的食品型態上加入保健或機能的因子，傳統食品業者鹹魚翻身之日不遠矣。
三、市場
國內保健食品的市場規模不斷成長，市面上的產品琳瑯滿目，進口產品和國產產品比例大約為 6:4 。銷售通路可分為直銷與傳統架售兩大部分，直銷通路以往為保健食品銷售的主流，除了多層次傳銷的方式之外，電台和電視購物的銷售亦不容小覷。近年來保健食品在傳統架售通路上開疆闢土屢獲捷報，不管是大型賣場、連鎖通路如超級市場、超商或藥妝店均可看到保健食品的專櫃，其主力產品包括雞精、膠囊錠狀食品、穀粉等。此外，醫院、診所、或 有機食品 店也成為保健食品銷售的通路之一，且由於這類通路有專人進行解說或介紹，其銷售成果亦很可觀。
未來展望
保健食品之所以與傳統食品有所區隔，繫於其能發揮特定的機能或功效，然而特定的機能與功效必須建立在明確的科學證據上，除了以體外或體內功效評估等實驗來驗證該產品的效果外，保健食品中真正提供其特定功效的有效成分或指標性成分，也可以被檢測確認，並作為保健食品製造過程的品質指標。另一方面，保健食品在人體內的代謝與吸收也愈來愈受到重視，因此也將透過蛋白基因體學或營養基因學來了解保健食品的成份如何增進健康。
根據美國 IFT 專家群在「保健機能性食品的發展與契機 (Functional Foods: Opportunities and Challenges) 」一文中所提到，我們可以從透過以下方式包括從改變食品本身、法規及市場銷售等方面來發展機能性保健食品：
1. 修改現行評估機能性食品功效及安全性的程序，以確保機能性保健食品擁有合理的科學依據。
2. 更切實際的管理監督。目前的專業術語及管理架構，不足以滿足機能性保健食品的所有範圍，這些專業術語及管理架構需要修改。
3. 政府應投資更多的機能性保健食品基礎及應用研究，包括確認機能性保健食品在科學標準上的功效及安全性。
4. 利用獎勵的方式去鼓勵食品業者進行機能性保健食品發展。
國內保健食品發展如火如荼，國外保健食品亦大量進口，造成國內保健食品產業環境競爭激烈，因此保健食品已被列為行政院「挑戰 2008 國家發展重點計畫」重點發展項目之一。經濟部工業局於 92 年度訂定「保健機能性食品產業發展策略與措施」作為國內保健食品產業的發展依據，其發展策略包括協調相關法規鬆綁、著重發展本土或漢方特色的保健食品或原料、全面提升產品品質、提昇產業技術水準、鼓勵拓展外銷、協助建立檢測驗證體系、建構異業結盟之架構、建立諮詢窗口、促進國內投資。
保健食品雖被列為一般性食品，但與一般食品不同的是，它含有某些對於人體健康或疾病預防具有效果的成份，但其效果需有其科學研究報告其至有醫學臨床依據的。保健食品對人體生理雖然有些影響，但是一般來講這種影響是緩和的，較少呈現副作用，它不像「藥品」生病吃療效見效，病好了就要盡快停藥。所以，因藥品會對人體產生副作用，如果你想用保健食品來養生保健，應該是依照產品所建議的量長時間、有耐心、不間斷的服用，才能感覺到它漸漸改善身體狀況的效果，不可能神奇如坊間有些誇大其實的宣稱：「治百病」、「立即見效」、「療效明顯」等字樣。
機能性保健食品 (Functional Food): 學術界將「健康食品 （Health Foods ）則定義「機能性食品（ Functional Foods ）」、「計畫性食品（ Designer Foods ）」等字詞，冀望精準地描繪出口服物品的保健特性。就醫學界的角度而言，如何確保「特別用途食品（ Foods for Special Dietary Use ）」、「病患專用食品 Medical Foods 」不被濫用是專業醫事人員最關心的重點。使用經驗悠久的「藥草及藥用植物（ Herbs and Botanicals ）」、絕不造成生態負擔的「有機食品（ Organic Foods ）」、與二十世紀生物科技產物的「科技食品（ Novel Foods ）」也因為能夠提供保健功效之故而被列入討論名單。而所謂 " 機能性保健食品 " 具有預防、改善疾病、延緩老化等功效，不妨借助這些有科學根據的保健食品，讓您簡單吃出健康！
